La Guerra de Arauco fue el mayor dolor de cabeza para el Imperio español en América, tanto que los peninsulares le llamaban "El Flandes indiano". Y es que la resistencia a la conquista que ofrecieron los mapuches no tuvo comparación. Este conflicto armado alcanzó mayor intensidad durante el Siglo XVI en lo hoy correspondería a las regiones del Biobío y la Araucanía. El desgate que significó esta guerra para la corona española, tanto en oro como en hombres, le hizo finalmente tener que negociar la paz con los mapuches, pasando a la historia como la única experiencia de derrota de un imperio coloniales europeo en el Nuevo Continente. Una de las batallas más importantes que se tradujo en una derrota aplastante de las huestes españolas ocurrió en nuestra zona, en lo que actualmente es la comuna de Lota, nos referimos a la batalla de Marihueñu.

Tras la muerte del gobernador de Chile Pedro de Valdivia en 1553 a manos de Lautaro y sus guerreros en la Batalla de Tucapel, actual Cañete, los españoles reorganizaron sus fuerzas, reforzando Imperial para la defensa y abandonando Confines y Arauco para reforzar Concepción, además envió un nuevo ejército al mando de Francisco de Villagra para someter a la población mapuche. Las tropas conformadas por 270 españoles y 2 mil yanaconas salieron de Concepción cruzando el río Biobío, confiados en que sus fuerzas lograrían vencer fácilmente al enemigo pues avanzaron kilómetros sin encontrar ningún tipo de resistencia (ignorando que se trata de una táctica de Lautaro para hacerlos combatir en el terreno que ellos habían escogido) y acamparon en la zona de Colcura. Por su parte, Lautaro había logrado conformar un ejército de alrededor de 8 mil hombres, que les esperaban al sur del río Chivilingo.
La mañana del 23 de febrero de 1554, Villagra retomó su camino al sur por los altos de Marihueñu para atravesar la cordillera de Nahuelbuta, dejando un destacamento para proteger unas balsas. Cuando las huestes partieron, Lautaro envió una fuerza de 500 guerreros a atacarlas por sorpresa, impidiendo así la posibilidad de escape.
Lo espeso de la vegetación nativa del Biobío dificultaba el avance de los españoles, que al llegar a la cima del cerro que actualmente se conoce como Cerro de Villagrán, fueron atacados por los guerreros mapuches que les esperaban.
Rápidamente Villagra formó a sus hombres formando una media luna y dejando, como ocurría habitualmente, a las piezas de artillería a la retaguardia. Lautaro atacó del mismo modo que hizo con Valdivia en Tucapel, atacando por oleadas de escuadrones, en este caso, cuatro "turnos" de tropas que pelearon con asombrosa fiereza para defender su tierra.
La batalla que había comenzado a eso de las 8 de la mañana, ya para el mediodía estaba casi ganada por los mapuches, que no dieron tregua en ningún instante. Algunos mapuches lograron romper círculo defensivo español y lazearon al mismo Francisco de Villagra bajándolo del caballo.
Con el mismísimo gobernador de Chile prisionero, los españoles rápidamente intentaron rescatarlo, empresa que lograron a costa de numerosas bajas y con un Villagra aturdido por la golpiza que había recibido, que le dejaron su armadura totalmente abollada.

A las 4 de la tarde, cuando los mapuches mataron a los operadores de los cañones de artillería, Villagra dio por perdida la batalla y ordenó la retirada a través de un punto que lograron abrir en medio del cerco de los indígenas que lograron capturar 88 soldados españoles como prisioneros.
Apenas lograron escapar 66 soldados y unos cientos de yanaconas, en una derrota aplastante en que sufrieron incontables bajas, perdieron los valiosos cañones más todas las cabalgaduras. Desde entonces la figura de líder militar de Lautaro se consolidó, generando pánico entre los españoles que ocupaban Chile y que quedaron notoriamente desmoralizados, hasta el punto que muchos creyeron casi perdida la conquista de Chile.
Ante el pánico en la población tras el retorno de los sobrevivientes a Concepción, sus habitantes abandonaron rápidamente la ciudad temiendo una arremetida de los mapuches que de hecho ocurrió, destruyendo Concepción por completo.