La UPBB es la descendiente natural de la desaparecida Coordinadora Nacional Portuaria, que nació el año 2000 en Iquique buscando mejorar las condiciones salariales de los trabajadores portuarios mediante la unidad y la acción directa. Tras 3 años, la Coordinadora se encontraba en casi todos los puertos del país y los trabajadores habían logrado subir hasta en 60% sus ingresos y habían dejado jaque al gobierno y los empresarios, pero un exceso de personalismo por parte de su dirigencia y una organización muy vertical generó que ésta no pudiera avanzar al logro de otras demandas laborales y tras 4 años de no buscar ni lograr ninguna demanda de los trabajadores se empieza a pensar en generar una nueva organización que venza las dificultades que tenía la Coordinadora, sea más democrática y horizontal. El fin de la Coordinadora llegó en octubre del 2009 cuando tras demostrarse actos de corrupción de su líder lo que había alejado a muchos puertos. 

La región del Biobio también se encontraba desencantada del proceso vivido anteriormente con la Coordinadora y ya eran pocos los sindicatos que se reunían a discutir de temas laborales. Fue así como de los que quedaban surgió la idea de empezar a reunirlos nuevamente entorno a una organización territorial, horizontal, autónoma e independiente y principalmente democrática, que luchara por mejoras en las condiciones temporales y permanentes de los trabajadores portuarios y sus familias. Tras unos pocos meses de aun no tener una estructura clara, los puertos de la zona sufren el devastador terremoto que destruye el puerto de Thno, daña gravemente el puerto de Schwager y CAP y paraliza la producción exportadora de la región generando enormes perjuicios a los trabajadores portuarios, ello lleva a formalizar esta nueva organización e iniciar las luchas por las demandas de apoyo a los trabajadores portuarios afectados por la catástrofe. Es así como el 22 de julio se realiza en Thno el Congreso constituyente de la UPBB y se aprueban sus estatutos y así la organización de las 5 manos sigue luchando por apoyo financiero a los trabajadores afectados consiguiendo, tras marchas y paralizaciones, 800 cursos de capacitación de 4 meses con una manutención mensual de $150.000 por trabajador. Ese triunfo demostró que se podían lograr cosas si se luchaba unido y con convicción y convenció a los sindicatos, más incredulos, que este era el camino a seguir. 

Fue así como se apoyó decididamente el paro de 27 días de Lirquén llegando a un paro regional, de todos los puertos, en apoyo a él y concluyendo exitosamente la lucha. Así  también se apoyó a los trabajadores del puerto de Talcahuano para que  el Estado los incluyera entre los beneficiados tras la licitación del puerto, consiguiendo que así fuera, con un total de US$2 millones en beneficios, se consiguieron pensiones de gracia, vitalicias, heredables y sumables a la pensión normal por  2 sueldos mínimos no remuneracionales a todo trabajador que tuviera 53 o más años y 13 de antigüedad en los puertos. El último logro fue la promulgación de la ley 20661 que genera un beneficio a los trabajadores portuarios que son o hayan sido eventuales entre los años 1981 y 2010 cuando el Estado cobraba indebidamente los impuestos a dichos trabajadores.

En la actualidad, está dando frutos el trabajo de difusión que se ha realizado en los demás puertos del país, generándose la Unión Portuaria del Norte Grande, la Unión Portuaria de Atacama y creándose la del Sur, pero todos reunidos (incluyendo San Antonio y algunos sindicatos de Valparaíso) en la llamada Unión Portuaria del Chile y proponiéndose ambiciosas metas que van desde las mejoras en seguridad, reglamentación como también una nueva previsión.

Esta organización, con su poco tiempo, ha vivido intensamente en la lucha por los trabajadores y sus familias, siempre de forma autónoma e independiente y buscando lo mejor para los portuarios, los trabajadores y el país.

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